Quy trình thủ tục hải quan xuất nhập khẩu tại Việt Nam 2026

Cập nhật: Tháng 4/2026 | Thời gian đọc: 22 phút

Thủ tục hải quan xuất nhập khẩu là tập hợp các bước khai báo, nộp chứng từ và chịu sự kiểm tra mà mọi doanh nghiệp phải hoàn tất trước khi hàng hóa được phép xuất khỏi hoặc nhập vào lãnh thổ Việt Nam. Năm 2026 đánh dấu bước ngoặt lớn cho ngành hải quan khi Thông tư 121/2025/TT-BTC chính thức có hiệu lực từ 01/02/2026, cùng Quyết định 711/QĐ-BTC ban hành ngày 31/3/2026 tinh gọn hàng loạt thủ tục hành chính — giảm giấy tờ, tăng tính điện tử hóa và hướng tới mô hình hải quan số với mục tiêu số hóa 95–100% chứng từ.

Bài viết dưới đây hướng dẫn trọn bộ quy trình thông quan cho cả hàng xuất khẩu và nhập khẩu theo quy định mới nhất, kèm bảng chứng từ chi tiết, phân tích cơ chế phân luồng, các thay đổi quan trọng áp dụng từ 2026, và những sai lầm phổ biến cần tránh. Dù bạn là doanh nghiệp vừa và nhỏ lần đầu xuất nhập khẩu hay đơn vị đã có kinh nghiệm cần cập nhật quy định mới, đây là tài liệu tham khảo toàn diện giúp bạn thực hiện khai báo hải quan chính xác, nhanh chóng và đúng pháp luật.

1. Thủ Tục Hải Quan Là Gì — Khái Niệm Và Cơ Sở Pháp Lý 2026

Thủ tục hải quan xuất nhập khẩu là quá trình doanh nghiệp (hoặc đại lý hải quan được ủy quyền) thực hiện khai báo thông tin hàng hóa, cung cấp chứng từ, chịu sự kiểm tra và giám sát của cơ quan hải quan nhằm đảm bảo hàng hóa xuất nhập khẩu tuân thủ đúng quy định pháp luật Việt Nam. Không hoàn tất thủ tục hải quan — hàng hóa không thể lên tàu, lên máy bay hoặc rời khỏi cảng một cách hợp pháp.

Quy trình thủ tục hải quan tại Việt Nam được thực hiện chủ yếu qua phương thức điện tử thông qua hệ thống VNACCS/VCIS, hướng tới mô hình hải quan số với mục tiêu số hóa 95–100% chứng từ theo Quyết định 707/QĐ-TCHQ. Năm 2026, Tổng cục Hải quan tiếp tục đẩy mạnh cải cách theo hướng giảm tiếp xúc trực tiếp, tăng xử lý tự động dựa trên dữ liệu lớn (Big Data) và phân tích rủi ro thông minh.

1.1. Hệ thống văn bản pháp lý hiện hành

2. Những Thay Đổi Quan Trọng Có Hiệu Lực Từ 2026

Năm 2026 là năm có nhiều thay đổi lớn nhất về thủ tục hải quan trong vòng 5 năm qua. Doanh nghiệp cần nắm rõ các điểm mới sau để tránh sai sót và tận dụng lợi ích từ cải cách.

3. Bộ Chứng Từ Bắt Buộc — Xuất Khẩu Và Nhập Khẩu

Bộ chứng từ đầy đủ và chính xác là yếu tố then chốt giúp tờ khai được phân luồng thuận lợi. Theo Thông tư 38/2015 (sửa đổi bởi TT39/2018 và TT121/2025), hồ sơ hải quan được nộp và lưu trữ chủ yếu dưới dạng điện tử — cơ quan hải quan tăng cường kiểm tra dữ liệu khai báo thay vì yêu cầu bản giấy.

4. Quy Trình 5 Bước Thủ Tục Hải Quan Xuất Khẩu

Bước 1: Kiểm tra chính sách mặt hàng và chính sách thuế

Trước khi chuẩn bị hàng hóa, doanh nghiệp cần xác minh: hàng xuất khẩu thuộc loại tự do xuất khẩu hay thuộc diện quản lý chuyên ngành (cần giấy phép từ bộ, ngành liên quan). Tra cứu và xác định chính xác mã HS (Harmonized System) cho mặt hàng — bước này cực kỳ quan trọng vì mã HS quyết định thuế suất, chính sách quản lý và chứng từ cần thiết. Doanh nghiệp có thể tra cứu mã HS tại website Tổng cục Hải quan (customs.gov.vn) hoặc xin xác định trước mã HS (Pre-Classification) nếu mặt hàng phức tạp. Theo Luật Thuế xuất khẩu sửa đổi bởi Luật 90/2025/QH15, phần lớn hàng xuất khẩu có thuế suất 0%, trừ một số nhóm đặc biệt như khoáng sản, phế liệu kim loại, than, gỗ tròn. Hàng xuất khẩu cũng được hưởng thuế VAT 0% khi đáp ứng đủ 3 điều kiện: có hợp đồng xuất khẩu, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, và tờ khai hải quan đã thông quan.

Bước 2: Chuẩn bị bộ chứng từ xuất khẩu

Thu thập và rà soát toàn bộ chứng từ theo bảng tại Phần 3. Đối với hàng thuộc diện kiểm tra chuyên ngành (kiểm dịch thực vật, an toàn thực phẩm, kiểm tra chất lượng…), cần đăng ký và hoàn tất kiểm tra trước khi truyền tờ khai. Trong năm 2026, hệ thống Cơ chế một cửa quốc gia tiếp tục mở rộng — nhiều giấy phép chuyên ngành được cấp và truyền dữ liệu tự động sang hệ thống hải quan, giúp rút ngắn thời gian xử lý. Doanh nghiệp cần kiểm tra trạng thái phê duyệt trên hệ thống trước khi truyền tờ khai để tránh phát sinh luồng đỏ hoặc chậm thông quan.

Bước 3: Khai báo tờ khai hải quan điện tử trên VNACCS

Doanh nghiệp (hoặc đại lý hải quan) đăng nhập phần mềm khai báo được cấp phép — phổ biến nhất là ECUS5-VNACCS (Thái Sơn), FPT.TQDT hoặc phần mềm Viettel — để nhập dữ liệu tờ khai xuất khẩu (mã nghiệp vụ EDC). Các chỉ tiêu khai báo chính gồm: thông tin người xuất khẩu và người nhập khẩu, tên hàng hóa chi tiết, mã HS 8 chữ số, số lượng, đơn giá, tổng trị giá, điều kiện Incoterms, phương thức vận chuyển, và các chứng từ đính kèm dạng điện tử. Sau khi hoàn tất nhập liệu, đính kèm Invoice điện tử lên hệ thống, rồi truyền tờ khai. Hệ thống VNACCS tự động xử lý và trả kết quả phân luồng trong vài giây đến vài phút.

Bước 4: Nhận kết quả phân luồng và hoàn tất kiểm tra

Thời gian kiểm tra trên là theo Điều 23 Luật Hải quan: cơ quan hải quan phải hoàn thành kiểm tra hồ sơ trong 2 giờ và kiểm tra thực tế trong 8 giờ làm việc kể từ khi doanh nghiệp xuất trình đầy đủ. Nếu tờ khai vào luồng xanh, doanh nghiệp chỉ cần in tờ khai thông quan kèm mã vạch.

Bước 5: Thông quan và đưa hàng vào khu vực giám sát

Sau khi tờ khai được thông quan (hoặc hoàn tất kiểm tra luồng vàng/đỏ), doanh nghiệp mang tờ khai thông quan + mã vạch đến đơn vị giám sát tại cảng, ICD hoặc sân bay. Hải quan giám sát quét mã vạch, kiểm tra thông tin trên hệ thống — nếu dữ liệu trùng khớp và không có nghi vấn, hải quan xác nhận hàng qua khu vực giám sát. Lô hàng chính thức hoàn thành thủ tục hải quan và sẵn sàng xếp lên tàu hoặc máy bay theo lịch booking đã đặt.

5. Quy Trình 5 Bước Thủ Tục Hải Quan Nhập Khẩu

Bước 1: Xác định loại hàng hóa, mã HS và chính sách quản lý

Phân loại chính xác hàng nhập khẩu: hàng thông thường, hàng có điều kiện (cần giấy phép), hay hàng cần kiểm tra chuyên ngành. Tra cứu mã HS để xác định: thuế suất nhập khẩu (MFN hoặc theo FTA), thuế VAT (8% hoặc 10%), thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có), và các yêu cầu kiểm tra chuyên ngành. Nếu hàng được hưởng ưu đãi thuế theo FTA (EVFTA, CPTPP, RCEP, ATIGA…), chuẩn bị C/O đúng form trước khi hàng đến cảng. Đối với hàng thuộc diện kiểm tra chuyên ngành, đăng ký kiểm tra ngay khi biết lịch tàu đến để rút ngắn thời gian lưu bãi.

Bước 2: Chuẩn bị chứng từ và lấy lệnh giao hàng (D/O)

Thu thập đầy đủ bộ chứng từ nhập khẩu theo bảng Phần 3. Liên hệ hãng tàu hoặc đại lý để lấy Lệnh giao hàng (Delivery Order — D/O) — chứng từ cho phép nhận hàng tại cảng. Đối với hàng LCL, cần lấy D/O từ consolidator (đơn vị gom hàng). Kiểm tra kỹ C/O: đúng mẫu (Form EUR.1 cho EVFTA, Form D cho ATIGA, Form AK cho AKFTA…), đúng nội dung và đúng thời hạn nộp. C/O sai form hoặc hết hạn sẽ bị từ chối ưu đãi thuế — phải đóng thuế MFN đầy đủ.

Bước 3: Khai báo tờ khai nhập khẩu trên VNACCS

Quy trình tương tự xuất khẩu: đăng nhập phần mềm, nhập dữ liệu nghiệp vụ (mã IDA cho đăng ký ban đầu, IDC để hoàn chỉnh), đính kèm Invoice điện tử, truyền tờ khai. Lưu ý: có thể truyền tờ khai nhập khẩu trước khi hàng đến cảng (khai trước) để rút ngắn thời gian thông quan. Hệ thống trả kết quả phân luồng. Đối với nhập khẩu, tỷ lệ tờ khai vào luồng vàng và đỏ thường cao hơn xuất khẩu — đặc biệt với doanh nghiệp mới hoặc hàng từ nguồn có rủi ro.

Bước 4: Đóng thuế và hoàn tất kiểm tra

Khác với xuất khẩu (phần lớn thuế 0%), nhập khẩu phát sinh nhiều khoản thuế. Công thức tính thuế nhập khẩu cơ bản: Thuế NK = Trị giá CIF x Thuế suất NK. Thuế VAT = (Trị giá CIF + Thuế NK + Thuế TTĐB nếu có) x Thuế suất VAT. Doanh nghiệp đóng thuế qua ngân hàng hoặc hệ thống nộp thuế điện tử. Thời hạn nộp thuế: trước khi nhận hàng (đối với hầu hết trường hợp). Sau khi đóng thuế đầy đủ và hoàn tất kiểm tra (nếu luồng vàng/đỏ), tờ khai được thông quan.

Bước 5: Nhận hàng tại cảng và vận chuyển về kho

Mang tờ khai thông quan + D/O + giấy nộp thuế đến cảng/ICD để làm thủ tục nhận hàng. Hàng FCL: kéo container nguyên về kho, tự dỡ hàng, trả container rỗng về depot trong thời gian free time (thường 3–7 ngày). Hàng LCL: nhận hàng lẻ tại kho CFS cảng. Quá hạn free time sẽ phát sinh phí demurrage (50–200 USD/ngày tùy hãng tàu) hoặc phí lưu bãi (storage) — khoản phí này tích lũy rất nhanh và có thể vượt giá trị lô hàng nếu để quá lâu.

6. Cơ Chế Phân Luồng Xanh — Vàng — Đỏ Và Cách Tối Ưu

Hệ thống VNACCS/VCIS tự động phân luồng tờ khai dựa trên cơ chế quản lý rủi ro. Hiểu các yếu tố quyết định phân luồng giúp doanh nghiệp chủ động cải thiện tỷ lệ luồng xanh theo thời gian.

7. Hệ Thống VNACCS/VCIS — Hướng Dẫn Khai Báo Hải Quan Điện Tử

VNACCS (Vietnam Automated Cargo and Port Consolidated System) là hệ thống hải quan điện tử trung tâm, hoạt động 24/7 và xử lý gần như toàn bộ tờ khai hải quan tại Việt Nam. VCIS (Vietnam Customs Intelligence System) là hệ thống quản lý rủi ro đi kèm, tự động phân luồng dựa trên Big Data và thuật toán đánh giá rủi ro.

7.1. Điều kiện để khai báo trên VNACCS

7.2. Quy trình khai báo 4 bước

Bước 1: Đăng nhập phần mềm, chọn loại tờ khai (EDC cho xuất khẩu, IDA/IDC cho nhập khẩu). Bước 2: Nhập dữ liệu theo các chỉ tiêu bắt buộc: thông tin DN, mã HS, tên hàng, số lượng, trị giá, Incoterms, phương thức vận chuyển. Bước 3: Đính kèm Invoice điện tử và các chứng từ số hóa. Bước 4: Ký số và truyền tờ khai lên hệ thống → nhận kết quả phân luồng.

8. Thuế Xuất Nhập Khẩu Và Cách Tận Dụng FTA Giảm Thuế

8.1. Tận dụng FTA giảm thuế nhập khẩu

Việt Nam tham gia hơn 15 FTA — mỗi FTA yêu cầu mẫu C/O khác nhau. Dưới đây là các FTA phổ biến nhất:

9. Kiểm Tra Chuyên Ngành — Danh Mục Và Quy Trình Xử Lý

Kiểm tra chuyên ngành (KTCN) là yêu cầu bổ sung cho mặt hàng thuộc diện quản lý của các bộ, ngành — ngoài thủ tục hải quan thông thường. Đây là khâu gây chậm trễ nhiều nhất nếu doanh nghiệp không chuẩn bị trước.

Nguyên tắc vàng: Đăng ký kiểm tra chuyên ngành TRƯỚC khi hàng đến cảng. Nộp mẫu sớm nếu có thể. Theo dõi kết quả trên hệ thống Cơ chế một cửa quốc gia. Mang kết quả KTCN đến hải quan cùng lúc với bộ hồ sơ thông quan.

10. 8 Sai Lầm Thường Gặp Khi Làm Thủ Tục Hải Quan

1. Khai sai mã HS — Sai lầm tốn kém nhất

Mã HS quyết định thuế suất, chính sách quản lý và yêu cầu KTCN. Khai sai dẫn đến: truy thu thuế, ấn định thuế, phạt hành chính (vài triệu đến hàng chục triệu VND), hàng bị giữ. Trong giai đoạn 2025–2026, hải quan tăng cường kiểm tra mã HS bằng hệ thống tự động. Giải pháp: tra cứu kỹ trên customs.gov.vn, xin xác định trước mã HS cho mặt hàng mới.

2. Khai thấp trị giá tính thuế

Hải quan có cơ sở dữ liệu giá tham chiếu cho hàng nghìn mặt hàng. Từ 2026, tham vấn trị giá chuyển sang hệ thống điện tử — quy trình minh bạch hơn nhưng cũng chặt chẽ hơn. Khai đúng trị giá ngay từ đầu sẽ tránh được tham vấn kéo dài.

3. Chứng từ không đồng nhất

Tên hàng trên Invoice khác Packing List, số lượng trên B/L khác tờ khai, mã HS trên C/O khác tờ khai — bất kỳ sai lệch nào đều khiến hệ thống cảnh báo và chuyển luồng kiểm tra. Rà soát tính đồng nhất trước khi truyền tờ khai.

4. Không kiểm tra chính sách mặt hàng trước khi nhập

Nhập hàng về mới phát hiện cần giấy phép hoặc KTCN → hàng giữ tại cảng → phí lưu bãi chồng phí. Luôn kiểm tra chính sách TRƯỚC khi đặt hàng.

5. Nộp C/O sai form hoặc quá hạn

Mỗi FTA yêu cầu C/O khác nhau. Nộp sai form (ví dụ: dùng Form D khi cần EUR.1) → bị từ chối ưu đãi thuế → phải đóng thuế MFN cao hơn. Kiểm tra kỹ form C/O phù hợp với nước xuất xứ và FTA áp dụng.

6. Truyền tờ khai quá muộn

Xuất khẩu: truyền muộn = lỡ cutoff time = lỡ tàu = booking lại + phí lưu container. Nhập khẩu: truyền sớm (trước khi hàng đến) giúp rút ngắn thời gian thông quan. Luôn tính toán thời gian đệm cho trường hợp tờ khai vào luồng vàng/đỏ.

7. Không đăng ký KTCN trước

Hàng thuộc diện KTCN mà không đăng ký trước → chờ 3–7 ngày tại cảng → phí lưu bãi + demurrage. Giải pháp: đăng ký KTCN ngay khi biết lịch tàu, nộp mẫu sớm nếu có thể.

8. Tự làm hải quan khi chưa đủ kinh nghiệm

Phí đại lý hải quan chỉ khoảng 500.000 – 2.000.000 VND/tờ khai. Trong khi sai sót khai báo có thể dẫn đến phạt hàng chục triệu VND hoặc truy thu thuế gấp nhiều lần. Giải pháp: ủy thác cho đại lý hải quan hoặc forwarder chuyên nghiệp, đặc biệt trong giai đoạn đầu khi doanh nghiệp chưa có kinh nghiệm.

11. Tự Làm Hay Ủy Thác Hải Quan Qua Forwarder

12. Câu Hỏi Thường Gặp

Thời gian thông quan trung bình mất bao lâu?

Luồng xanh: vài phút đến vài giờ. Luồng vàng: trong 2 giờ làm việc. Luồng đỏ: trong 8 giờ làm việc kể từ khi xuất trình hàng (Điều 23 Luật Hải quan). Tổng thời gian door-to-door thường 1–3 ngày cho luồng xanh/vàng, 3–7 ngày cho luồng đỏ hoặc có KTCN.

Doanh nghiệp mới có xuất nhập khẩu được ngay không?

Có, nếu đăng ký kinh doanh có ngành nghề XNK. Cần: tài khoản VNACCS (từ 2026 có thể dùng VNeID), chữ ký số, phần mềm khai báo. DN mới thường bị phân luồng vàng/đỏ nhiều hơn trong giai đoạn đầu — đây là cơ chế bình thường.

Từ 01/7/2026 có thay đổi gì về xử phạt khai sai?

Theo thông tin dự kiến, từ 01/7/2026 sẽ không xử phạt người nộp thuế có hành vi khai sai khi làm thủ tục hải quan trong một số trường hợp cụ thể. Tuy nhiên, quy định này vẫn đang trong quá trình hoàn thiện — doanh nghiệp cần theo dõi văn bản chính thức.

Chi phí làm thủ tục hải quan khoảng bao nhiêu?

Tự làm: phần mềm + CKS khoảng 3–7 triệu VND/năm + chi phí nhân sự. Ủy thác đại lý: 500.000 – 2.000.000 VND/tờ khai tùy mặt hàng. Liên hệ Blue Sea (B.S.T.T) để nhận báo giá cụ thể theo loại hình và số lượng tờ khai.

C/O có bắt buộc cho mọi lô hàng không?

Không bắt buộc. C/O chỉ cần khi doanh nghiệp muốn hưởng ưu đãi thuế theo FTA. Không có C/O, hàng vẫn được nhập bình thường nhưng phải đóng thuế MFN (thường cao hơn đáng kể).

13. Blue Sea (B.S.T.T) — Dịch Vụ Hải Quan Và Ủy Thác XNK Trọn Gói

Với gần 20 năm kinh nghiệm (thành lập 2005), Blue Sea (B.S.T.T) cung cấp dịch vụ thủ tục hải quan và ủy thác xuất nhập khẩu trọn gói — từ tư vấn mã HS, kiểm tra chính sách mặt hàng, khai báo tờ khai, đến xử lý kiểm tra chuyên ngành và thông quan. Đội ngũ cập nhật đầy đủ quy định mới theo Thông tư 121/2025 và các văn bản hiệu lực 2026.

Cam kết bảo mật: Blue Sea không tiếp xúc riêng với shipper hoặc consignee của khách hàng. Thông tin hàng hóa và chứng từ được bảo mật tuyệt đối — yếu tố đặc biệt quan trọng khi thủ tục hải quan liên quan đến dữ liệu nhạy cảm về giá cả, đối tác và chiến lược kinh doanh.

Bài viết được biên soạn bởi đội ngũ nội dung bsttvn.com — cập nhật tháng 4/2026. Tham khảo: Tổng cục Hải quan (customs.gov.vn), Thông tư 38/2015/TT-BTC, Thông tư 39/2018/TT-BTC, Thông tư 121/2025/TT-BTC, Nghị định 167/2025/NĐ-CP, Quyết định 711/QĐ-BTC (31/3/2026), Luật Hải quan 2014 (sửa đổi 2025), Luật Thuế XNK (Luật 90/2025/QH15), EY Vietnam, Thời báo Tài chính Việt Nam, TTWTO VCCI. Nội dung mang tính tham khảo — doanh nghiệp nên đối chiếu với văn bản pháp luật hiện hành và tham vấn chuyên gia cho từng trường hợp cụ thể.